根據各個受檢者的檢查結果的類型主要是分為兩種，分別是提示腸道內發生的某些良性病變以及惡性腫瘤。
1、良性的腸鏡活檢結果，主要包括了腸道各個部位出現的炎癥、異型增生、腺瘤、炎性息肉、低級別上皮內瘤變等。這些良性病變相對來說比較多見。出現這些疾病的患者本身也會出現多種不適癥狀，包括了腸功能紊亂、小腹疼痛、消化不良、腹脹、便秘或拉肚子等。病情嚴重的患者可出現腸梗阻、大便帶血、身形消瘦、貧血等并發癥。
2、惡性腫瘤結果就是提示腸道內某個部位發生了惡性病變，包括了惡性淋巴瘤、肉瘤、高級別上皮內瘤變、浸潤癌等。尤其發生早期癌變的患者進行腸鏡活檢可以及早確診，對治療具有一定的幫助作用。而剛發生腸道惡性病變的患者可能目前并沒有明顯癥狀，病情比較嚴重的患者不僅會出現良性病變的一切癥狀，還會出現食欲不振、大便性狀變化、腹部疼痛、身形驟然消瘦等等癥狀。
需要注意的是，腸鏡活檢只是取下部分可疑的腸黏膜組織進行檢查，也就是說取材有局限性。因此，只能確定腸道內病變是良性還是惡性，并不能確定惡性病變的程度和類型。所以，出現惡性結果的患者還需要進一步進行檢查，如免疫組化等，以便于盡快采用正確的方式進行治療。
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